R での依存管理案¶

2016/01/30

たとえばプロジェクトなどで R を利用する場合、どのように管理されるだろうか。

なにか Wiki などにまとめ、コマンドをコピペするだろうか。

R での経験がまだ浅いのでデファクトだったり、モダンな管理の手順はわからないが、 install.packages() を記載した R スクリプトファイルを R CMD BATCH に読み込ませるとよいと思った。

どのような手順かというと、以下の手順だ。

手順¶

1. 環境変数 R_LIBS_USER にユーザーローカルのライブラリパスを規定する。¶

R_LIBS_USER にユーザーのライブラリパスを指定すると R で利用されるので、環境変数に指定する。 ~/.bashrc あたりで指定しておくとよい。
$ export R_LIBS_USER="$HOME/.config/R/lib/3.2.3"
$ mkdir -p $R_LIBS_USER

2. install.R を作成する。¶

以下の内容の install.R ファイルを作成する。

但し、 c(...) で指定するパッケージは必要に応じて読み替えること。
install.packages(
  c('data.table', 'dplyr'),
  repos='http://cran.ism.ac.jp/',
  dependencies=TRUE)

3. 作成した R スクリプトを実行し、パッケージをインストールする。¶

$ R CMD BATCH install.R

参考¶

バイオインフォマティクス入門 | パッケージの追加 R